Para establecer un descuento global en una factura, se debe de utilizar la opción de "Descuentos" que figura en la parte inferior del apartado "Totales".

Aquí completarán los 3 campos señalados en rojo en la captura que les muestro a continuación, teniendo en cuenta lo siguiente:

Valor: Es el monto que desean descontar.

Descripción: Será el nombre del item, por lo que deben cargar la primera palabra como “Descuento”.

Indicador de facturación: Se debe utilizar el mismo indicador de facturación que utiliza en los ítems originarios.
Si el comprobante contiene varios ítems con distintos indicadores de facturación, DGI exige que se agregue una línea adicional por cada indicador distinto. Además, el descuento global debe ser proporcional a los ítems de facturación según su indicador. 

Por alguna duda sobre el procedimiento puede comunicarse con ayuda@mvdfactura.uy.