Para que el método de pago se visualice impreso en la factura, debes cargar el mismo al momento de crear la misma.

Cuando creas el CFE, en la pantalla 3.Medio de Pago, debes completar el campo Método de Pago. Selecciona Nuevo método de pago si aún no has cargado ninguno en el sistema:

Carga el nombre del nuevo método de pago y pulsa sobre Guardar. Luego pulsa Volver.

Luego seleccionas el método de pago creado, cargas el Valor (monto que el cliente pagó a través de ese método) y pulsas sobre Agregar.

Una vez finalizada la edición de la factura, al momento de imprimir la misma podrás visualizar el método de pago de la siguiente forma:

En algunos casos, puede ser que igualmente no se visualicen los métodos de pago, si no está habilitada la opción correcta en la configuración de impresión. Para verificar esto ingresa en Panel de Control > Impresión. Allí marcar en SI el campo ¿Siempre imprimir Medios de Pago en la representación impresa?: