En este caso simplemente ingresas a la factura desde Contabilidad > Facturas de cliente y pulsas sobre Nota de crédito.

Es importante que copies el código de la factura, es decir, la referencia que le asignaste manualmente, ya que es la misma que deberás indicar en la nota de crédito.

Una vez en la edición de la nota de crédito, deberás completar el campo Ref. Manual con el mismo contenido que le habías asignado a la factura que cancelas: 

Por último puedes guardar los cambios y validar la Nota de crédito.