Sí, MVD gestiona permite editar la factura generada desde el Pedidos y facturar solo algunos de los productos o líneas del pedido.

Para esto ingresamos en Ventas > Pedidos y seleccionamos el pedido correspondiente. Una vez allí pulsamos sobre Crear factura:

Dejamos seleccionada la opción por defecto (líneas a facturar) y pulsamos sobre Crear y ver facturas:

A continuación, pulsamos sobre Editar y cargamos la Forma de pago como habitualmente. Pulsando sobre el campo Cantidad en la línea de los Relojes podremos indicar que solo facturaremos 1. Luego eliminamos la línea del Bolso de cuero que decidimos facturar 2:
Se pueden factura parcialmente la cantidad de productos o eliminar estos

Pulsamos sobre Validar y nos habilitará la opción de Imprimir, Registrar Pago, etc., como habitualmente.

Si volvemos al pedido, pulsando sobre el mismo en la parte superior, vemos que nos continúa habilitando la opción de Crear Factura, ya que reconoce que hay productos que aún no fueron facturados. También nos habilitará el campo Facturas donde podremos visualizar las facturas ya creadas para dicho pedido:

Para facturar el resto de los productos ingresamos en Crear factura y nuevamente elegimos la opción Líneas a facturar:

Veremos que ahora nos mostrará un listado de las facturas realizadas para dicho pedido y en azul la nueva factura que aún está en modo Borrador. La seleccionamos para ingresar a editar la misma:

Podremos ver que por defecto nos toma únicamente los productos que no fueron facturados. Siguiendo con el ejemplo, solo tendremos fara facturar 1 reloj y 2 bolsos de cuero: